Salle 1 : Les enseignes de pèlerinage
Les enseignes de pèlerinage, plus communément appelées plombs de pèlerinage, du fait de la nature du métal qui généralement les compose, sont des souvenirs conçus à l’intention des pèlerins. Elles attestent de la réalisation concrète du pèlerinage et apportent protection au pèlerin durant le trajet. Au retour, le pèlerin l’arbore à son manteau ou la fixe sur son chapeau. Il peut, moyennant une rétribution modique, la donner à baiser à ceux qu’il rencontre en chemin. C’est à partir du XIIIe siècle que se généralise leur usage.
La dimension des enseignes de pèlerinage est variable, elle peut aller de deux à quatre centimètres, exceptionnellement quelques-unes peuvent mesurer huit à dix centimètres, elles sont parfois inscrites dans un cadre dont la forme peut-être ronde, ovale ou octogonale. Leur fabrication, quasi industrielle, est confiée aux batteurs d’étain. On suppose qu’elle s’effectuait tant sur les lieux de cultes que dans les grands centres urbains. Le prix de ces souvenirs était peu important. Sur le lieu de pèlerinage, elles sont vendues au profit exclusif des religieux. Parfois, cependant, comme au Mont Saint-Michel, la vente peut également se faire au profit des laïques.

Salle 2 : Le Mont Saint-Michel à travers les dessins d’Émile Sagot
Les dessins du Mont-Saint-Michel d’Émile Sagot (1805-1888) nous montrent l’abbaye avant sa restauration et le village avant les transformations.
Après des études à l’école des beaux-arts de Dijon, puis à Paris, Émile Sagot exerce la profession d’architecte, mais surtout celle d’archéologue et de dessinateur. Vers 1845, il s’installe à Paris et exécute des dessins destinés à illustrer les Voyages pittoresques et romantiques dans l’ancienne France de Taylor et Nortier. C’est en préparant le dernier volume de cette collection qu’il découvre le Mont-Saint-Michel, en 1862 et touché par le site, il s’y établit définitivement en 1872. Il dessine sans relâche l’abbaye et le village, multipliant les coupes, les plans, les élévations, les états avant rénovation, les restitutions, les projets de restauration, les détails d’architecture et de sculpture.
Sagot, qui est architecte et inspecteur correspondant de la Commission des monuments historiques, espère peut-être que la restauration du Mont lui sera confiée. Mais, l’année où il s’installe sur le rocher, la Commission fait appel à Édouard Corroyer (1837-1904).
La ville d’Avranches possède une cinquantaine de ses dessins

Salle 3 : Calice de Louis de Bourbon
En l’an 1802, la cathédrale d’Avranches menace de s’effondrer et doit être rasée. Au milieu des ruines subsiste, intact, ce bel ensemble : un élégant calice du XVe siècle, en vermeil (un alliage d’argent et d’or), décoré d’émail et de symboles solaires, accompagné d’une patène, à la décoration semblable. Ils sont attribués à l’évêque d’Avranches, Louis de Bourbon, qui occupa cette fonction entre le XVe et le XVIe siècle.

De leur parcours nous n’avons de certitudes qu’à partir de cette année 1802 où le curé Lebas de la Haye-Pesnel les achète, nous dit la source, comme « souvenir » de la chute de la cathédrale saint André. Ils sont acquis par la suite par Mgr Bravard, évêque de Coutances, qui en fait don à son secrétaire particulier, le chanoine Pigeon. Une partie de la collection Pigeon étant rachetée par la ville d’Avranches en 1985, le calice et la patène dits « de Louis de Bourbon » rejoignent alors les collections du musée.

Salle du cellier

Cette salle voûtée du XIIIe siècle, dernier vestige médiéval conservé sur le site du Scriptorial, constituait probablement le rez-de-chaussée d'une maison médiévale : le cellier;
Ce type de maison en pierre était fréquent à Avranches, environ une quinzaine d'entre elles est actuellement identifiée au sein de la ville haute. Dans le cartulaire du chapitre de la cathédrale d'Avranches, ces demeures urbaines sont parfois évoquées ; la première mention précise de maison à « chambre sur cellier » apparaît dans une charte en ancien français de 1303.
Le cellier est situé à une vingtaine de mètres en retrait de la rue de Geôle. Afin d'installer la colonne centrale, les bâtisseurs ont dû creuser la roche afin d'y loger la base sculptée qui devait être enterrée et donc invisible. Le chapiteau épannelé de la colonne est légèrement asymétrique. La base sculptée octogonale permet de proposer une datation vers le premier quart du XIIIe siècle. Ce type de module granitique se rencontre notamment au Mont-Saint-Michel dans plusieurs salles de la Merveille édifiée entre 1211 et 1228.

Salle 5 : Recueil de traités scientifiques et techniques (Manuscrit ms 235, Mont Saint-Michel, vers 1154-1186)

Au milieu du Moyen Âge, l'Occident prend conscience de l'intérêt que représentent les connaissances scientifiques du monde arabe. On assiste alors à une diffusion du savoir à partir du Proche-Orient et jusque dans les bibliothèques monastiques de la Chrétienté. Le manuscrit de la bibliothèque municipale d'Avranches, numéro 235, illustre parfaitement ce mouvement. En effet, les connaissances de l'Antiquité, en partie oubliées par l'Occident, sont redécouvertes au contact du monde arabe. Le manuscrit 235 constitue un florilège de textes et d'extraits d'auteurs aussi bien orientaux qu'occidentaux rédigés dans l'Antiquité et à l'époque médiévale.
Ce manuscrit, rédigé en latin, est composé principalement de textes d'astronomie et d'astrologie. Il a été copié en Normandie au XIIe siècle, probablement à l'abbaye du Mont Saint-Michel. Le copiste a utilisé l'écriture « caroline » répandue depuis le VIIIe siècle dans le monde occidental.
 

Salle du Trésor : Cartulaire du Mont Saint-Michel (Manuscrit Ms 210, Mont  Saint-Michel, vers 1150)
Le cartulaire du Mont Saint-Michel est un manuscrit exceptionnel, conçu et réalisé à l'abbaye au milieu du XIIe siècle dans le royaume anglo-normand, et complété, tel un outil de travail, jusqu'au-delà du Moyen Âge, par plusieurs mains.
Le cartulaire d'une abbaye n'est pas un livre rare. Les communautés religieuses ont souvent fait transcrire leurs titres de propriété dans un « cartularium », un recueil de chartes et d'actes divers relatifs à leur temporel. Mais le cartulaire du Mont est unique : tout le contenu du chartrier de l'abbaye, toutes les chartes alors conservées aux Archives départementales ont brûlé le 6 juin 1944, lors du bombardement de Saint-Lô, chef-lieu du département de la Manche.
Il surpasse les cartulaires de son temps par la beauté de son écriture, la qualité du parchemin utilisé, la richesse de son illustration avec ses quatre dessins élégants en pleine page et son décor abondant d'initiales ornées qui font surgir des créatures fantastiques. Le cartulaire du Mont, riche de 115 chartes différentes, rend compte des donations octroyées par les personnages de tout rang. L'abbaye perçoit des droits seigneuriaux non seulement dans les diocèses du nord-ouest de la France, mais aussi dans les îles anglo-normandes (Jersey, Chausey, Guernesey), et en Angleterre.