Le Scriptorial s'inscrit dans les fortifications médiévales tout en affirmant une architecture résolument contemporaine.
De forme triangulaire, le musée est construit comme une véritable métaphore du Mont Saint-Michel et développe l'idée d'une ascension. 

Ce cheminement symbolise l'ascension de l'abbaye du Mont. Celle-ci est non seulement progressive, mais aussi circulaire.
Au cœur du bâtiment, un cellier du XIII^e siècle, redécouvert à l'occasion de fouilles préventives a été intégré à la muséographie. L'occasion pour le public de découvrir un autre pan de l'histoire de la ville.

La modernité des matériaux employés, verre et béton, n'est pas sans rappeler l'extrême sobriété de l'abbaye et le velouté du parchemin. La lumière pénètre par des ouvertures réparties sur l'ensemble du musée et fait résonance, par sa nature et sa direction zénithale avec le symbolisme religieux et évoque l'esprit du Mont.

Tous ces éléments alliés à l'originalité de la muséographie favorisent l'immersion du visiteur dans le monde énigmatique des manuscrits et confère au musée son unicité.