Les collections présentées au Scriptorial se composent à la fois d'objets issus de fouilles archéologiques (céramiques, monnaies), de collections municipales (tableaux représentant saint Michel et la ville d'Avranches en 1669), de collections d'arts sacrés... mais aussi, des archives, les manuscrits du Mont Saint-Michel et de nombreux livres imprimés.

La collection présentée au Scriptorial est l'une des plus riches de France, en particulier pour l'époque romane. Exceptionnels par leur richesse et leur rareté, les manuscrits du Mont Saint-Michel témoignent de la vie spirituelle, intellectuelle et artistique de la communauté des moines bénédictins. Si les textes sacrés constituent la majorité des 200 ouvrages de la bibliothèque patrimoniale, celle-ci recèle un bon nombre d'œuvres profanes : des livres historiques, des traités de musique, d'astronomie et des livres de droit ainsi que les ouvrages de grands auteurs de l'Antiquité : Cicéron, Platon, Boèce, et surtout Aristote...

> Pour consulter le fonds des manuscrits du Mont Saint-Michel

En 1791, par décision des autorités révolutionnaires, la cité d'Avranches, chef-lieu du district, reçut en garde un dépôt littéraire de l'État constitué de collections importantes de livres provenant des communautés religieuses de l'Avranchin : le chapitre cathédral et l'évêché d'Avranches, les abbayes de Montmorel, de la Lucerne et du Mont Saint-Michel pour les plus importantes.

Véritable loupe virtuelle, le corpus offre aux visiteurs l'accès à une base de données de plus de 700 images permettant de découvrir, sur les documents numérisés en très haute définition, la précision et la qualité des calligraphies et des enluminures. Le visiteur peut ainsi effectuer une véritable balade interactive sur un grand écran et en faire profiter l'ensemble des visiteurs présents dans la salle.

Le cartulaire du Mont Saint-Michel est un manuscrit exceptionnel, conçu et réalisé à l'abbaye au milieu du XII^e siècle, et complété, jusqu'au-delà du Moyen Âge, par plusieurs mains. Le cartulaire du Mont est unique : il contient en son sein tout le contenu du chartrier de l'abbaye, toutes les chartes alors conservées aux Archives départementales ont brûlé le 6 juin 1944, lors du bombardement de Saint-Lô, chef-lieu du département de la Manche. Il surpasse les cartulaires de son temps par la beauté de son écriture, la qualité du parchemin utilisé, la richesse de son illustration avec ses quatre dessins élégants en pleine page et son décor abondant d'initiales ornées qui font surgir des créatures fantastiques.